Az állatvilág is nagyon változatos: 8OO madár- és egzotikus emlősfaj él itt: többek között a királyi bengáli tigris és a hópárduc. Sajnos a vadvilág megtekintésének lehetősége nagyrészt a nemzeti parkokra, természetvédelmi területekre és Nyugat-Nepálra korlátozódik, ahol ritka az emberi népesség.

A tájat eredetileg sűrű erdő borította. Minden régióban az erdőirtás egyik fő probléma, amely eróziót okoz és ezzel rombolja ökoszisztémákat.

A Bhutánban, Észak-kelet Indiában és Mianmar északi részén, valamint Kína tibeti régiójának déli területén vezetett expedíciók eredményeiről a WWF nemzetközi természetvédelmi szervezet számolt be A Kelet-Himalája - Ahol a világok összeérnek (The Eastern Himalayas - Where Worlds Collide) című tanulmányában.

A Himalája keleti fele jellemzően nehezen megközelíthető terület, sok az elszigetelt élőhely, ezért a biológiai feltérképezés hosszú időt vesz igénybe, és máig nem fejeződött be. Az egy évtizedes kutatás során a szakemberek több mint 350 új fajt, köztük 242 növényt, legalább 60 gerinctelent, 14 édesvízi halat, 16 kétéltűt, 16 hüllőt, 2 madarat és 2 emlőst fedeztek föl.

Az egyik legfontosabb felfedezés egy 100 millió éves gekkómaradvány, amelyet Mianmar északi területén, a Hukawng-völgyben egy borostyánbányában találtak. Ez a legrégebbről fennmaradt gekkómaradvány, amelyről a kutatók eddig tudomást szereztek.

Észak-Mianmarban megtalálták a putao muntjákszarvast (Muntiacus putaoensis), a világ legkisebb és legősibb szarvasfaját is. Az állatról először úgy gondolták, hogy egy másik faj fiatal egyede, de később a DNS-tesztek azt igazolták, hogy egy különálló fajt alkot. 60-80 cm magas és összesen 11 kg körüli testtömeggel rendelkezik -  a helyiek "levélszarvasnak" nevezik, mivel akkora, hogy az állatot egyetlen nagyobb levél eltakarhatja. A muntjákszarvasok alcsaládjának 11 ma élő faja ismert - ez a szarvasfélék legősibb csoportja, a legkorábbi fosszíliáik 15-35 évvel ezelőttről származnak. Közeli rokonára, a hegyi muntjákszarvasra (Muntiacus muntjak montanus) nyolcvan éve után nemrégiben bukkantak Szumátra egy távoli hegyoldalában.

Rátaláltak a 2005-ben már azonosított arunácsali makákóra (Macaca munzala) is, ami nem csak a régió, de egyben a tudomány számára is teljesen új felfedezés. Ez a világ eddig ismert legmagasabban élő makákója: a tengerszint feletti 1600-3500 méteres magasságban emelkedő hegyekben honos. Az új emlősfajok, különösen főemlősök felfedezése igen ritka eredmény, az arunácsali makákó volt az egyetlen újonnan azonosított majomfaj száz év alatt.

A Himalája teljes területén ismereteink szerint megközelítőleg 10 ezer faj él, többek között körülbelül 300 emlős, 1000 madár és 300 édesvízi hal. A világ összes növényének harmada és a gerinctelenek 40%-a honos itt. Itt található a kihalás szélén álló bengáli tigris egyik utolsó élőhelye, és itt él a szintén veszélyeztetett indiai orrszarvú is.

A felfedezések rámutatnak, hogy a Himalája keleti része egyike a világ természeti kincsekben leggazdagabb területeinek, úgynevezett biológiai forrópontjainak, ugyanakkor a Himalája egyike azoknak a helyeknek, ahol a klímaváltozás hatásait már észlelhetjük. Mivel a térdég két kontinentális kőzetlemez találkozásán húzódik, valóságos biogeográfiai útkereszteződésnek tekinthető, ahol két világban honos fajok találkoznak. Az Indomaláj övezetben, a Himalája keleti vonulatainak tövében az ázsiai elefánt, a ködfoltos párduc (Neofelis nebulosa), a vadbivaly (Bubalus bubalis arnee), a gaur (Bos gaurus), számos szarvascsőrűmadár (Bucerotidae), kobrák ás gekkók honosak, míg az északabbra, magasabban fekvő, palearktikus terület a hópárducok (Uncia uncia), kis vörös pandák (Ailurus fulgens), a fekete medvék (Ursus americanus), farkasok, aranylangurok és számos patásfaj földje.

A klímaváltozás mellett a nem fenntartható gazdálkodás, az erdőirtás, a túllegeltetés, a veszélyeztetett fajokkal történő illegális kereskedelem és az édesvízzel való felelőtlen gazdálkodás és a szennyezés veszélyezteti a Himalája élővilágát - figyelmeztet a WWF.